Nhóm B. fragilis là nhóm Bacteroidaceae được phân lập phổ biến nhất trong các bệnh nhiễm trùng kỵ khí, đặc biệt là những loài có nguồn gốc từ hệ vi sinh vật đường tiêu hóa. B. fragilis là sinh vật phổ biến nhất trong nhóm B. fragilis, chiếm từ 41% đến 78% các chủng phân lập của nhóm. Những sinh vật này kháng với penicillin nhờ vào việc sản xuất beta-lactamase và các yếu tố chưa biết khác.[4]

Nhóm này trước đây được phân loại là phân loài của B. fragilis (nghĩa là B. f. ssp. fragilis, B. f. ssp. distasonis, B. f. ssp. ovatus, B. f. ssp. thetaiotaomicron, và B. f. ssp. vulgatus). Chúng đã được phân loại lại thành các loài khác nhau trên cơ sở các nghiên cứu tương đồng ADN.[5] B. fragilis (trước đây gọi là B. f. ssp. Fragilis) thường được phục hồi từ máu, dịch màng phổi, màng bụng, vết thương và áp xe não.

Mặc dù nhóm B. sragilis là loài phổ biến nhất được tìm thấy trong các mẫu bệnh lâm sàng, nhưng đây là loại Bacteroides ít phổ biến nhất có trong hệ vi sinh vật trong phân, chỉ bao gồm 0,5% vi khuẩn có trong phân. Tác nhân gây bệnh của chúng một phần xuất phát từ khả năng sản xuất polysacarit dạng nang, có tác dụng bảo vệ chống thực bào [6] và kích thích sự hình thành áp xe.[3]

B. fragilis có liên quan đến 90% nhiễm trùng phúc mạc kỵ khí.[7] Nó cũng gây ra nhiễm khuẩn huyết [8] liên quan đến nhiễm trùng trong ổ bụng, viêm phúc mạc và áp xe sau khi vỡ nội tạng và áp xe dưới da hoặc bị bỏng gần hậu môn.[9] Mặc dù nó là gram âm, nó có LPS thay đổi và không gây sốc nội độc tố.